Peu d’entreprise ont pris la mesure de la réforme du CIR en 2008 où, le Crédit impôt recherche n’est plus une option de gestion de l’entreprise mais d’un droit à part entière. Cet élément a des conséquences très favorables aux entreprisses et est encore peu exploité par celles-ci. Cette modification fiscale de la loi de finances pour 2008 a entièrement revue l’écriture de l’article 244 quater B du CGI. Le nouveau texte a aboli la part en accroissement du CIR et a supprimé le caractère optionnel du ce dispositif.

L’article 244 quater B du CGI disait que le bénéfice du CIR était une « option annuelle de l’entreprise ». Le texte de l’article 244 quater B du CGI dans sa nouvelle ne fait plus référence à l’exercice d’une option. Il en va de même de celui de l’article 49 septies M de l’annexe III dudit code traitant des modalités de déclaration tel qu’il a été modifié par le décret n° 2008-590 du 23 juin 2008.

Ce changement emporte des conséquences juridiques et pratiques importantes pour les entreprises.

Le dépôt par un contribuable de la déclaration 2069 A après la date du relevé de solde de l’impôt sur les sociétés n’emporte plus la perte pour lui du droit de bénéficier du CIR. Le motif que ce dépôt serait tardif ne peut être caractérisé comme une renonciation à l’exercice du CIR.
En second lieu, un contribuable est fondé à demander le bénéfice du CIR jusqu’au terme du délai de réclamation contentieuse. L’entreprise est donc en droit de pouvoir réclamer un bénéfice dans les trois ans.

C’est ainsi, que par exemple, tous jugements en Conseil d’Etat ou Rescrits intervenus depuis et donnant une lecture plus favorables à l’entreprise peut dès lors faire l’objet d’une réclamation de la part de celle-ci.
De ce fait, le CII ou Crédit impôt innovation sera sous le même régime.